In een door oorlog geteisterde toekomst van duizenden jaren verder, is de mensheid zover gevorderd met wapens en technologie, dat de grenzen van menselijke beperkingen overschreden dreigen te worden. In dit vervolg moet de speler proberen controle te krijgen over de oorspronkelijke Zohar om zijn mysterie te ontrafelen, en de Gnosis verslaan, een etherisch buitenaards ras. Sommigen geloven dat de Zohar de sleutel in handen hebben om oneindige macht te ontketenen, terwijl anderen denken dat de Zohar de mysteriën uit het verleden zullen ontrafelen en de wereld zullen behoeden voor de Gnosis. In Xenosaga Episode II kun je je personages nog meer naar eigen wens aanpassen met meer dan honderd verschillende vaardigheden. Daarnaast maakt het vechtsysteem van het spel gebruik van combinatie-aanvallen, een verfijnd boost-systeem, dubbele teamaanvallen en een op zones gebaseerd aanval-/afweersysteem. Hiermee biedt het spel verschillende (gevechts)situaties die een uitdaging vormen voor de geoefende gamer. Het uitgebreide ervaringssysteem maakt gebruik van meer dan 100 verschillende vaardigheden om je personage naar eigen wens aan te passen Het verbeterde turn-based vechtsysteem doet nog meer een beroep op je strategische en tactische inzicht, en biedt nog meer uitdaging Shion, KOS-MOS en andere populaire personages uit Episode I keren terug. Ze zijn beter uitgewerkt en maken gebruik van volledig nieuwe mechs