In het explosieve derde seizoen komt de reis van Jason Todd als Robin tot een gruwelijk einde, waarna hij als Red Hood wraakzuchtig terugkeert naar Gotham om zijn oude team neer te halen. Ondertussen is Barbara Gordon, de voormalige Batgirl en huidige waarnemend commissaris van de Gotham City Police Department, op haar hoede voor de Titanen nu ze terug zijn in Gotham, maar haar geschiedenis met Dick Grayson leidt haar ertoe hun hulp te accepteren in het onderzoek van de GCPD naar Red Hood. Ook van Dr. Jonathan Crane, een voormalige superschurk en huidige gevangene in Arkham Asylum.