Het verhaal van The Last Remnant neemt je mee terug naar zo'n duizend jaar geleden, op het moment dat de mensheid in contact kwam met Remnants. Deze magische objecten uit een lang vervlogen tijdperk werden ooit gebruikt om vrede over de wereld te verspreiden. Op een gegeven moment ontstond er echter een steeds groter verschil tussen de leiders en de onderdanen, waardoor de Remnants niet langer een instrument waren dat voor balans moest zorgen, maar uitgroeiden tot een object dat kon leiden tot onmeetbare macht. Waar het eens zo vredig was, daar werd nu alleen nog maar bloed vergoten. In The Last Remnant kan je spelen met één van de twee hoofdpersonages, waarbij je vrij bent om te kiezen. Allereerst is er het personage Rush Sykes, dat een typisch personage is van de Aziatische markt. Daarnaast is er The Conqueror, een personage dat gericht is op de Westerse markt. De game bevat vier verschillende rassen: Mitra (mensen), Yama (grote vis-achtigen), Qsiti (kleine mens-achtige hagedissen) en Sovanni (vier-armige wezens die op een kat lijken). Hoewel de game turn-based is, zal het vechtsysteem zeker niet passief zijn en zullen er regelmatig Quick Time Events (QTE's) zijn.