In het tweede seizoen van Haven, gebaseerd op de novelle The Colorado Kid van Stephen King, is de aandacht wederom gericht op het mysterieuze gelijknamige stadje. Audrey (Emily Rose) wordt geconfronteerd met een vrouw die beweert ook FBI-agente Audrey Parker te zijn. De vrouw deelt behalve haar naam ook haar herinneringen, precies op het moment dat er problemen dreigen en dodelijke plagen het stadje teisteren. Ondertussen ziet Nathan (Lucas Bryant) zicht gedwongen om na het overlijden van zijn vader de leiding van het politiekorps over te nemen. En een persoon uit Duke’s (Eric Balfour) verleden duikt plotseling op.