Meerdere pogingen om rakettenexperts te gijzelen dwingen Team Rainbow het internationale netwerk van terroristen binnen te dringen. Een internationale groep militairen probeert een conflict te creeren bij olierijke delen rond de Zwarte Zee, om zo langzamerhand de controle over te nemen. Als lid van Team Rainbow moet jij de terroristen tegen houden van het maken van vernietigingswapens en uiteindelijke een oorlog voorkomen. In deze solocampagne zitten ten opzichte van Rainbow Six 3 nieuwe wapens en omgevingen, en daarbij is de kunstmatige intelligentie van de computerspelers in het spel behoorlijk opgeschroeft.