Hayabusa is terug, sneller en dodelijker dan ooit. In dit derde deel uit de veel geprezen Ninja Gaiden serie gaan spelers voor het eerst ervaren hoe het is om door de ogen van Hayabusa te spelen om zijn psyche te doorgronden. Hayabusa wordt in dit nieuwe deel vervloekt door een mysterieuse bad guy, waardoor de grenzen tussen held en crimineel lijken te vervagen. Hayabusa wordt deels door het kwaad opgevreten terwijl zijn hart vecht voor het onrecht.