In Kingdom Hearts II worden de fantastische avonturen van Sora, Donald, en Goofy voortgezet terwijl zij King Mickey en hun vrienden proberen te redden in het uitgebreide universum van Disney en Square Enix. Er is een jaar verstreken sinds de gebeurtenissen in de game Kingdom Hearts: Chain of Memories - een spel dat alleen voor de handhelds uitkwam. De kwaadaardige Hades heeft nog steeds zijn vileine streken, en de legendarische vrouwelijke krijger Mulan heeft dringend behoefte aan assistentie - dat is nog maar het begin van de problemen die het heldentrio moeten zien op te lossen!