Chocobo en Cid, de schatzoekers uit Final Fantasy, komen op magische wijze in een mysterieus stadje terecht. In de stad raken de inwoners hun geheugen kwijt nadat de bel van de klokkentoren heeft geluid. Op een dag komt een vreemde jongen genaamd Raffaelo in het stadje terecht en maakt hier geheugenkerkers om de mensen helpen te herinneren wie ze zijn. Het is nu aan de Chocobo om naar de kerkers te reizen en het geheugen van iedereen terug te krijgen.Via de Nintendo Wi-Fi Connection is het mogelijk om het met kaarten op te nemen tegen vrienden. Door geheime brieven te verzamelen kun je speciale zinnen maken en hiermee geheime kerkers en classes vrijspelen. De mini-games zijn volledig te bedienen met de Wii-afstandsbediening.