In Death Jr.: Root of Evil speel je met DJ, de zoon van de Grim Reaper (de Dood). Door de baan van zijn vader heeft DJ nogal een druk leven. Gelukkig heeft hij zijn vrienden die hem bijstaan tijdens zijn avonturen. In het spel kunnen spelers zowel DJ als zijn Gothic-vriendin Pandora besturen.Samen met haar loopt DJ door de vele spelwerelden die deze game rijk is. De gameplay komt voornamelijk neer op het springen van platform naar platform en het afmaken van tegenstanders met onder andere je zeis. Tijdens zijn avonturen komt DJ langs verschillende omgevingen, zoals een speelgoedbegraafplaats, een verlaten militaire basis en een uitgedroogde rivier.Daarnaast zal DJ moeten vechten tegen beveiligingsagenten, moordende kokken, robotlama's en meer maffe onderkruipsels. Gelukkig heb je niet alleen je zeis tot je beschikking, maar kun je ook een vlammenwerper gebruiken, de Tommy Gun van Pandora of de speciale 'Hamster Mark II'-explosieven. Al deze wapens kunnen bovendien ook nog gebruikt worden in de coöperatieve speelstand.