Madagascar: Operation Penguin is een vervolg op het spel Madagascar en bevat de pinguïns uit de film als de hoofdpersonen. Je doel is om de dieren te helpen ontsnappen uit de Central Park Zoo in New York City via ondergrondse tunnels. Als Private Penguin gebruik je gekke wapens om aan te vallen en over de hele wereld te reizen. Zodra je een level hebt voltooid, open je een deel van een tunnel waar de pinguïns doorheen kunnen reizen. De game is een side-scrolling platformgame die voornamelijk op kinderen is gericht. Naast het leren van nieuwe vaardigheden door middel van items, is je doel ook om items in elk level te verzamelen.